原发类和复发类生殖器疱疹的显微镜像表现极其相似,并且都与带状疱疹和水痘的显微镜像类似。生殖道疱疹显微镜下最为突出的表现是上皮细胞内囊泡形成。造成这种现象的原因是上皮细胞的退变,尤其是棘皮层的松解及角质层下方的液体积累。表皮与真皮层的自细胞大量浸润会在病毒感染后很快出现。如果上皮的退变波及到最深的上皮细胞,在囊泡破裂之后就可以形成真正的浅表溃疡。退变上皮细胞的气球样变是病毒感染的特征性变化。处在退变中的上皮细胞常会体积扩大成为多核细胞,进而演变为病毒型巨细胞。这些巨细胞最常见于疱疹病变的边缘部位。细胞内可出现核内包涵体。包涵体通常为嗜酸性,呈卵圆形,位于细胞核内,周围被覆晕光。有包涵体出现时,细胞核的染色质通常会被挤聚到靠近核膜的边缘区域。
疱疹感染特征性的细胞学变化已经有Ng等(1970年)做过详细的描述。细胞核的变化主要是通常与不规则排列的细小的嗜碱性核内颗粒有关联的微小核内空泡。有些细胞核可呈现为均匀一致的“毛玻璃”样。细胞核内出现稀疏的、通常伴有周边亮区的嗜酸性核内包涵体是疱疹感染的细胞学变化的另一个特征。